מתוקף אחריותו המוסד אמון על התחומים הללו:

סיכול איומי התחמושת בנשק בלתי קונבנציונלי ובנשק צבאי מתקדם
המוסד פעל בשנות השישים לסכל את התחמשותה של מצרים בטילי קרקע-קרקע שפותחו בסיוע מדענים גרמנים, וכן הוביל את סיכול מאמציה של עיראק בתקופת סדאם חוסיין להשיג יכולת גרעינית, חשף את המידע שהביא לתקיפת הכור הגרעיני שבנתה סוריה, ובשנים אחרונות הוא פועל לסכל את מאמציה של איראן להשיג יכולות גרעיניות.
סיכול איומי טרור על יעדים ישראליים ויהודיים בחו"ל
בשנות השישים החל המוסד להתמודד עם הטרור הפלסטיני, ובשנות השבעים קיבל על עצמו את האחריות לסיכולו בחו"ל.
עם השנים הוסט מוקד הפעולה לבלימת מאמצי הטרור המתמשכים של איראן ושל חזבאללה ברחבי העולם, בצד טיפול בסיכול הטרור של ארגוני הג'האד העולמי.
פיתוח וקידום קשרים חשאיים מיוחדים, ובכלל זה עם ישויות ומדינות שאינן מקיימות קשרים גלויים עם ישראל
המוסד מקדם את הרחבת מעגל השותפויות המדיניות והביטחוניות של ישראל ואת הנורמליזציה ויחסי השלום באזור.
חלק מקשרים אלו נחשפו גם בפומבי, דוגמת הסיוע של המוסד לקברניטי המדינה במגעים החשאיים שקדמו להסכמי השלום עם מצרים ועם ירדן ולהסכמי אברהם עם מרוקו, סודאן, ומדינות המפרץ.
הצלת קהילות יהודיות ממוקדי סכנה ובארצות מצוקה והבאתם לישראל
והי אחת המשימות המיוחדות והמרכזיות של המוסד לאורך השנים.
הארגון הוביל את מאמצי ההגנה והעלייה החשאית של יהדות מרוקו בשנות החמישים והשישים, פעל להעלאת יהודי אתיופיה דרך סודאן בכמה מבצעים ששיאם מבצע משה, ונקט פעולות רבות להוצאת יהודים מארצות ערביות ומאיראן בתקופות שבהן נרדפו ונאסר עליהם לעלות לישראל.
ביצוע משימות מיוחדות
המוסד מפעיל לאורך השנים את יכולותיו ומשתמש בתשתיותיו לקידום משימות לאומיות מיוחדות. ביטוי לכך אפשר לראות בלכידתו של הפושע הנאצי אדולף אייכמן בשנות השישים, ומאוחר יותר בסיוע הלאומי בזמן מגפת הקורונה.